フランベの効果の「山札からお菓子カード２枚を新たに手札に加えることができる」は、山札の上から２枚引くのでしょうか？

はい、山札の上から２枚引きます。

フランベの効果を使用する際に、山札からお菓子カード２枚を手札に"加えない"ことは可能でしょうか？

こちらについて、表記が分かりづらく申し訳ございません。
必ず２枚手札に加えるようにしてください。

発動順１１番のコンカッセで魔法カードを交換するとき、他のプレイヤーが使用するために場に出している発動順１２番のパルフュメも交換対象に入りますか？

入りません。場に出した瞬間に手札ではなくなります。